Med loven skal alle ind- og udbetalinger af skatter og afgifter fra og til virksomhederne fremover ske efter et saldolignende princip, der indebærer automatisk modregning. Gennemførelsen af skattekontoen forventes at lette administrationen af betalinger både for virksomhederne og for told- og skatteforvaltningen. Virksomhederne vil som led i skattekontoen fremover alene skulle foretage indbetaling til ét kontonummer. Som led i skattekontoen sker der en harmonisering af morarentesatserne på Skatteministeriets område.